Sin embargo, hay desacuerdos profundos entre ellos respecto de temas fundamentales, como, por ejemplo, los márgenes y fronteras de la tolerancia; el grado de libertad individual que debe imperar en una organización política y social; la legitimidad de la intervención del gobierno en áreas de la vida personal; también lo hay respecto de cuánta libertad individual es preciso sacrificar por el hecho de ser parte de una comunidad; cómo se compatibiliza la libertad con otros bienes a los cuales legítimamente los hombres aspiran, como la igualdad o la justicia; la legitimidad del Estado de Bienestar, o las virtudes de la democracia. Así, hay liberales clásicos, liberales igualitaristas, libertarios, liberales-conservadores, conservadores-liberales o 'liberals' (con acento en la i), que son la expresión norteamericana del llamado 'progresismo' de izquierda.
Un hito se produce a partir de mediados del siglo XIX, cuando una corriente liberal comienza a definir el capitalismo, hasta entonces considerado la base material de otras libertades, como enemigo de la libertad, y a sostener que es posible usar la fuerza del gobierno para el avance de la justicia social, definida como igualdad material. Esta visión se impuso hasta tal punto que los liberales clásicos declinaron definirse como tales hasta que Von Mises sugirió rescatar el término y devolverlo a sus orígenes. La verdad es que el liberalismo es un concepto difícil de definir, pues ni siquiera hay acuerdo respecto de la naturaleza de la libertad: si esta es "negativa", o sea, la ausencia de coerción arbitraria de terceros sobre los designios individuales; o bien "positiva", que implica ser libre solo en la medida en que se persiga un bien superior, en aras del cual es posible y en general necesario utilizar formas de coacción. Isaiah Berlin afirma que los historiadores han documentado al menos 200 maneras de usar el término.
Ahora bien, como dice él, esta confusión conceptual es muy equívoca, porque "la libertad es libertad, no es igualdad, equidad, justicia, felicidad humana o una conciencia tranquila". En Chile el término liberal no siempre ha sido meramente descriptivo, sino que utilizado muchas veces como un juicio de valor, e incluso un epíteto. Para el conservador, liberal equivalía a laicismo, anticlericalismo y secularización, y para el socialismo, capitalismo egoísta y desenfrenado. En el siglo XIX el conflicto no se da entre el Estado y las libertades individuales, sino que más bien entre Estado e Iglesia, y el Partido Liberal aparece dispuesto a usar toda la fuerza del aparato estatal para alcanzar la secularización.
Igualmente paradójico, el Partido Conservador se presenta como el defensor de las libertades de enseñanza, asociación y religión, con el fin de defender la autonomía de la Iglesia en estas materias. Hoy la acepción negativa de liberal ha dejado de existir y más bien hay una competencia acerca de "quién es más liberal que yo" y, en el afán de clasificar a todos en compartimentos estancos, hay también encargados de entregar las correspondientes credenciales de "genuino liberal". El uso peyorativo hoy ha sido reemplazado por "neoliberalismo", que sería la encarnación del mal y el compendio de todas las perversidades económicas, sociales y morales del alma humana.
